1918年3月，孙中山与宋庆龄在广州大元帅府。1922年5月上旬，在孙中山的指挥号令下，北伐军分三路进袭江西。为了北伐顺利进行，孙中山免去阻挠破坏北伐的陈炯明广东省省长、粤军总司令和内务部长的职务，但留任陆军部长一职。此时，忠诚于孙中山的部队大部分已出征北伐，广州事实上被陈炯明的粤军控制。
陈炯明纵容军队在广州断绝交通，肆意抢掠，使作为根据地的广州政局十分动荡。为了稳定广州，并争取陈炯明转变，孙中山于6月1日从韶关返回广州。陈炯明于6月14日先囚禁了廖仲恺，接着密示所部于16日凌晨发动武装叛乱，以4000人围攻总统府，并用大炮、机关枪一起轰击，欲置孙中山于死地。
孙中山和宋庆龄处于万分危急之中。尤其是孙中山，对于自己亲手扶植的部属忘恩负义、阴险狠毒的行为无比愤怒，慨叹“祸患生于肘腋，干戈起于肺腑”。孙中山表示要固守总统府，戡乱平逆，“如力不足，惟有一死，以谢我四万万同胞。”周围的同志苦苦相劝，孙中山才勉强同意撤走。但他顾虑宋庆龄的安全，要她先行撤离。宋庆龄处在生死关头，临危不惧，再三婉求孙中山先走，并恳切地对孙中山说：“中国可以没有我，不可以没有你。”她不顾孙中山的多次劝说，坚持留下来吸引叛军的火力与注意力，好让孙中山安全撤离。孙中山在叛军向越秀楼前进时，于枪林弹雨中冲出叛军包围，到停泊在天子码头附近的宝璧舰避难。稍后，移驻永丰舰（后改名“中山”号）上。
宋庆龄在孙中山撤离险境后，一直坚持到早上8时，当叛军冲进总统府时，才在两名卫士和一名副官的掩护下正面突破，在“火烧到头发上”的险境中趁乱逃出。之后，她又经过一天一夜的艰难路程，冲破层层封锁，才在17日晚上辗转到达黄浦军舰上与孙中山会合。
宋庆龄脱险后，在6月底，曾写《广州脱险》一文向新闻界叙述脱险的过程，揭露了陈炯明的阴谋罪行。她写道：“他走了半小时以后，大约早晨两时半，忽有枪声四起，向本宅射击……叛军占据山上，由高临下，左右夹击，向我们住宅射发，喊着‘打死孙文！打死孙文！’……到了八点，我们的军火几乎用完，卫队停止回击，只留几盒子弹，候着最后的决斗。此时情势，队长劝我下山，为惟一安全之计。其余卫兵，也劝我逃出，而且答应要留在后方防止敌人追击……听说这五十名卫兵竟无一人幸免于难……前后左右都是乱兵在进击。他们一面进，我们一面穿东走西曲折的在巷里逃。我再也走不动了，凭两位卫兵一人抓住一边肩膀扶着走，我打算恐熬不过了，请他们把我枪毙……枪声沉寂之后，我化装为一村妪，而剩余的一卫兵扮作贩夫，离开这村屋……也不知走了多少路，经过触目惊心的街上，我们才到了一位同志的家中，就在这家过夜……我与卫兵才逃到岭南，住友人家……那天晚上，我终于在舰上见到中山先生，真如死别重逢。”
1923年8月，孙中山、宋庆龄在永丰舰与官兵合影，纪念蒙难一周年。在与陈炯明叛乱的斗争中，宋庆龄孕育的与孙中山的孩子不幸流产夭折，她也从此失去了妊娠的机会，但宋庆龄在这次事件中的表现及几年来辅助孙中山南征北战的功绩，受到了革命同志及广大官兵的衷心敬仰。何香凝后来追忆这段历程时指出：宋庆龄当时“处处为孙先生着想——也可以说是为中国革命的前途着想，临难应变，这么大义凛然，真令人感动！……自从这件事之后，我对夫人就格外地尊敬爱护了。”
孙中山为宋庆龄题写的“精诚无间”联句
孙中山更是感到宋庆龄无论在斗争中，还是生活中，都是他无可替代的助手和伴侣，他深情地题赠妻子“精诚无间同忧乐，笃爱有缘共死生”。
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